Управление Федерального казначейства по Сахалинской области является территориальным органом Федерального казначейства, созданным в границах Сахалинской области, и находится в непосредственном подчинении Федерального казначейства.

Управление взаимодействует в пределах своей компетенции с территориальными органами федеральных органов исполнительной власти (федеральных государственных органов), органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации (государственными органами субъектов Российской Федерации), органами местного самоуправления (муниципальными органами), органами управления государственными внебюджетными фондами Российской Федерации, Банком России и его территориальными учреждениями, иными организациями.